Zusammen mit Rügheim wurde auch der evangelisch-lutherische Glaube angenommen.
Die Kirche, der heiligen Ottilie geweiht, wird zum erstenmal 1319 urkundlich genannt. Für 1497 hat man Belege, dass Ort und Kirche am jetzigen Platz stehen. Die alte Ottilienkirche wurde wahrscheinlich allmählich so baufällig, dass 1688 an derselben Stelle eine neue Kirche mit ähnlichen Ausmaßen gemaut wurde. Der name "St. Salvator" mag dafür ein Zeichen sein, dass es mehr war als eine Generalüberholung der alten Kirche. Dies geschah in der Regierungszeit von Ernst Herzog von Sachsen. Damals gehörte Kleinmünster zu Sachsen-Hildburghausen.
Der Taufstein, Palmettenornamente, soll, laut Chronik, seinem Stiil nach um 1600 herum stammen und ist somit der einzige Inventarteil, der von der alten Kirche stammt. 1890 wurde ein zweiter Taufstein erworben, der aber heute im Turmraum steht. Denn: Unter Dekan Kollmer wurde 1968 bei der Renovierung der alte wieder in Gebrauch genommen. Hier weitere Daten:
1752 wurde ein neuer Kirchturm gebaut.
1776 war dann die erste große Renovierung des Kirchenschiffes fällig.
1859 Neue Orgel: Diese spielte bis 2010.
1877 war eine Generalüberholung nötig. Damals wurde auch die Sakristei angebaut.
1886 wurden drei neue Glocken angeschafft. Denn: Beim Totengeläut für König Ludwig II. zersprangen die zwei uralten Glocken aus dem Jahre 1420. Die neuen Glocken wurden an der Kirchweih am 14. November 1886 eingeweiht. Inschriften: Psalm 130,1, Psalm 65,5 und Psalm 103,1. Diese mussten im 1. Weltkrieg abgeliefert werden.
1921 wurden drei neue Klangstahlglocken, die heute noch ihren Dienst tun, in Apolda/Thüringen, gegossen.
1968 wurde unter Dekan Kollmer die St. Salvatorkirche einer gründlichen Renovierung unterzogen. Die Orgel wurde auf die Seite der Kanzel versetzt und eine neue Empore, der Kanzel gegenüber gewonnen. Auch der ältere Taufstein - wie oben bereits erwähnt - wurde wieder in Gebrauch genommen. Kosten der Renovierung: 148.857,-- DM.1988 ist die St. Salvatorkirche erneut an der Reihe, neu hergerichtet zu werden. Das linke Bild zeigt die heutige Innenansicht.
2010 wurde eine neue, größere Orgel eingeweiht. Wegen ihrer Größe wurde sie wieder auf der Empore gegenüber der Kanzel aufgebaut.